O seu nome deve ter-se fixado nesta época devido à construção de uma ponte sobre o Rio Sor. Terá sido construída no tempo do imperador Marco Aurélio Probo, sendo então o maior monumento de toda a estrada romana até Mérida. Tinha dez arcos de volta redonda. Apesar de forte, em 1438 quando se deu início às muralhas da vila, já não existia. A actual Ponte foi mandada construir em 1822 por D. João VI. A vila recebeu o foral em 1199 através de concessão da Sé de Évora. O objectivo deste foral era tentar povoar e fixar as populações, num território praticamente inculto.

A nível eclesiástico, Ponte de Sor pertencia à ordem de Cristo, mas inicialmente este território pertenceu à ordem dos templários e mais tarde, no reinado de D. Afonso IV, passou para a ordem de Malta. Nos finais do século XIX, a vila estendeu-se em direcção à estação do comboio, iniciando-se a construção da "Vila Nova".